El Departament de Salut liderat per Kennedy ha defensat les seves reformes al CDC, incloent la retirada de la vacuna contra la Covid de l’horari d’immunització oficial per a infants i dones embarassades. Aquesta decisió s’ha justificat afirmant que no hi ha prou dades que demostrin beneficis clars en aquests grups i que la majoria de països ja no recomanen la vacuna per als infants. El canvi ha provocat una demanda judicial per part de diverses associacions mèdiques, que consideren que això dificulta la confiança entre metges i pacients i pot erosionar la relació sanitària. A més, el govern ha reorganitzat el comitè d’assessorament de vacunes del CDC amb l’objectiu declarat de restaurar la confiança pública en les vacunes, prioritzant la transparència i la credibilitat per sobre de qualsevol agenda pro o anti-vacunes. Alguns experts, però, critiquen que s’han malinterpretat estudis científics per justificar aquestes mesures.