Per a empreses i persones que tenen programes que no poden funcionar en ordinadors amb processadors Arm, existeix un obstacle important: la compatibilitat del programari. Els PCs basats en Arm utilitzen una arquitectura diferent de la dels processadors tradicionals (com els d'Intel o AMD), fet que provoca que molts programes antics o especialitzats no siguin compatibles o funcionin malament. Això afecta tant empreses amb aplicacions clau com usuaris particulars amb programes imprescindibles.

Per a aquests casos, es recomana mantenir equips amb arquitectura tradicional o buscar solucions de virtualització i emulació, tot i que aquestes opcions poden tenir limitacions de rendiment o suport tècnic. El repte principal és garantir que el programari essencial pugui seguir funcionant de manera fiable fins que els desenvolupadors adaptin les aplicacions a la nova arquitectura Arm. Així, la transició a PCs Arm requereix planificació i avaluació de la compatibilitat de tot el programari utilitzat.